深圳華大生命科學研究院聯合多家機構的研究者們，利用華大堪稱“超廣角百億像素生命照相機”的時空組學技術Stereo-seq，首次繪制了四種模式生物胚胎發育或器官的時空圖譜，包括和人的基因相似度高達80%的實驗室明星小鼠、參與高中課本里著名的摩爾根雜交實驗的果蠅、胚胎發育研究的重要模式生物斑馬魚和植物研究的“網紅”擬南芥。這是首次從時間和空間維度上對生命發育過程中的基因和細胞變化過程進行超高精度解析，為認知器官結構、生命發育、人類疾病和物種演化提供全新方向。
Cell出版社官網以時空組學聯盟（STOC）專題的形式發布了系列成果，其中，基于華大自主研發的高精度大視場Stereo-seq技術繪制的小鼠胚胎發育時空圖譜相關成果在《細胞》（Cell）期刊在線發表，斑馬魚、果蠅、擬南芥時空圖譜相關成果在《細胞》子刊《發育細胞》（Developmental Cell）在線發表。
為推動時空組學在生命科學各個領域的廣泛應用，華大研究院等機構發起了時空組學聯盟，這是一個國際化科學聯盟，由來自哈佛大學、劍橋大學、牛津大學等16個國家的80多位科學家組成。本次專題成果是由華大研究院聯合時空組學聯盟單位主導的、時空組學聯盟產出的第一批重磅成果，由深圳華大生命科學研究院聯合中國科學院廣州生物醫藥與健康研究院、南方科技大學、華中農業大學等來自6個國家的32個科研團隊共同參與完成。研究已通過倫理審查，嚴格遵循相應法規和倫理準則。
深圳華大生命科學研究院聯合國家基因庫共同打造時空組專輯數據庫
近日，CNGBdb重磅上線的時空組學數據庫V1.0版（STOmicsDB）率先建立時空組數據歸檔標準，實現時空組學不同層次數據的整合，并形成時空組學數據生態圈，是國際領先的時空組學綜合平臺，致力于促進時空組學的數據探索和學術研究。
作為STOmicsDB的子庫——時空組專輯數據庫與Cell專題同期發布。上述4篇Cell系列模式生物時空組學研究成果相關數據庫/數據集均已收錄在時空組專輯數據庫中。科研人員可以通過該專輯數據庫快速獲取文獻概要、研究數據、分析工具、數據可視化分析結果等關鍵信息，全面提升文獻要點解讀及數據/分析工具搜索效率，促進時空組學領域科研成果轉化及技術發展。
【訪問時空組專輯數據庫】搜索引擎搜索關鍵詞“國家基因庫生命大數據平臺” → 點擊導航欄“Scientific database” → 點擊“STOMICS DataBase” → Collections
MOSTA: 小鼠器官發育時空轉錄組圖譜
研究者們利用Stereo-seq技術構建出了世界上首個系統清晰的小鼠器官跨時期空間基因表達圖譜集。這也是首次在單細胞分辨率水平上解析空間基因表達譜，為哺乳動物發育研究提供重要的數據參考，推動我們更好地認識胚胎的成長和器官發生，也為出生缺陷相關研究提供指導。
MOSTA通過交互式可視化，方便用戶查看和檢索小鼠胚胎各個基因在不同時期的空間表達。用戶可通過數據庫主頁面或導航欄，快速獲取研究內容梗概、時空聚類分析結果、研究技術（Stereo-seq）簡介、研究中使用分析軟件及產生的數據資源信息，同時還能直接下載研究數據及分析文件等。
發表期刊：Cell
數據編號：CNP0001543
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除了小鼠，科研人員還對斑馬魚、果蠅等模式生物的發育過程進行了研究，構建了斑馬魚和果蠅胚胎發育的時空圖譜，為胚胎發育過程中的模式形成及相關分子機理研究提供重要的數據參考，也為進化過程中胚胎演化的研究提供了可能。
ZESTA：斑馬魚胚胎發育時空圖譜
ZESTA利用Stereo-seq技術分析了斑馬魚胚胎發育過程中基因表達和調控網絡的時空動態。該數據庫分析了91個胚胎切片，涵蓋了發育的前24小時內的6個關鍵時間點，獲得了10x10x15µm3（接近細胞大?。┓直媛实?52,977個點的空間坐標。 同時確定了特定組織的空間模塊和共變基因。通過對各時間點的Stereo-seq和scRNA-seq數據進行綜合分析，重建了斑馬魚胚胎發育過程中細胞命運轉變和分子變化的空間解析發展軌跡。
用戶可通過數據庫主頁面或導航欄，快速獲取研究內容梗概、時空和單細胞轉錄組聚類分析結果、空間分辨發展軌跡、研究技術（Stereo-seq）簡介、研究中使用分析軟件及產生的數據資源信息，同時還能直接下載研究數據。
期刊：Developmental Cell
數據編號：CNP0002220
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Flysta3D：果蠅胚胎和幼蟲的3D時空圖譜
Flysta3D旨在管理由Stereo-seq生成的果蠅胚胎和幼蟲所有階段的三維空間轉錄組數據，通過可視化和分析感興趣的基因空間表達模式、聚類和注釋3D重建組織特異性的空間轉錄組，模擬組織發育過程中的發展軌跡，識別細胞信號通路和基因調控網絡，在完整的空間環境中檢查基因功能等。
用戶可通過數據庫主頁面或導航欄，快速獲取研究內容梗概、時空聚類分析結果、3D模型、研究技術（Stereo-seq）簡介、研究中使用分析軟件及產生的數據資源信息，同時還能直接下載研究數據。
期刊：Developmental Cell
數據編號：CNP0002189
專輯數據庫：搜索引擎搜索關鍵詞“國家基因庫生命大數據平臺” → 點擊導航欄“Scientific database” → 點擊“STOMICS DataBase” → Collections → Flysta3D
擬南芥葉片單細胞空間轉錄組圖譜
為攻克長期以來研究人員無法對植物葉片中高度相似細胞類型的分子特征進行有效解析的難題，研究人員還基于Stereo-seq技術成功開發出適用于植物的單細胞空間組技術，并將此技術應用于植物葉片細胞的空間組學研究。該技術將會應用于植物基礎科學研究和作物育種研究中，如在水稻、小麥和玉米等作物的種子發育和抗旱、耐高溫和耐鹽等機制解析中進行優勢關鍵基因的挖掘，為高產、優質、抗逆作物品系的培育貢獻力量。
該數據集包含由植物細胞壁染色與Stereo-seq高分辨率空間轉錄組技術相結合產生的數據，展示了擬南芥葉片中的第一個原位單細胞轉錄組分析。同時此研究證明了從主脈到葉緣存在細胞類型特異性空間基因表達梯度。重建這些梯度，首次根據特定細胞類型的空間分布顯示其發育軌跡。用戶可通過數據集頁面快速獲取研究內容梗概、樣本信息、時空聚類分析結果，同時還能直接下載研究數據。
期刊：Developmental Cell
數據編號：CNP0002618
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未來，時空組專輯數據庫將持續收錄時空組學領域最新研究成果，為廣大科研人員提供最全面的文獻可視化解讀綜合信息，助力時空組領域技術創新發展，促進器官結構、生命發育、物種演化、人類疾病等方向的重新認知及深入研究。
免責聲明：市場有風險，選擇需謹慎！此文僅供參考，不作買賣依據。
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